1651年（清顺治八年）- 1652年（清顺治九年），清政府拨银九万两，在辽代萧太后燕京行宫的基础上改建为西黄寺，供五世达赖喇嘛在京驻锡之用。

1653年（清顺治十年），五世达赖喇嘛觐见顺治皇帝，驻锡西黄寺。

1723年（清雍正元年），一世哲布尊丹巴呼图克图重修西黄寺所造三世佛像、八大菩萨像。